حجت الاسلام و المسلمين محمدطاهر اخلاقي، معاون پژوهش جامعه علميه اميرالمؤمنين(ع) در مصاحبه اي با سايت اين حوزه علميه، به تشريح برنامه هاي پژوهشي اين معاونت در سال تحصیلی جاری پرداخته و گفت: بر اساس برنامه های تعیین شده از سوی این معاونت، طلاب جامعه علمیه امیر المؤمنین(ع) در تمامی پایه‌های تحصیلی موظف به نگارش حداقل یک تحقیق در طول سال تحصیلی جدید هستند.
وي در تشريح برنامه هاي پژوهشي این معاونت عنوان كرد: معاونت پژوهش جامعه علميه اميرالمؤمنين (ع) متناسب با سطح تحصیلی طلاب گرامی برنامه پژوهشی خویش را در سه مرحله سامان داده است. مرحله اول که در واقع برای آشنا ساختن طلاب پایه اول با مقدمات پژوهش و نویسندگی است به امر خلاصه نویسی اختصاص یافته است بر اساس این برنامه، طلاب پایه اول ملزم هستند زیر نظر اساتید گرامی به خلاصه نویسی درس عقاید بپردازند. هدف از این برنامه آشنا نمودن طلاب با شیوه‌ی خلاصه نویسی و قواعد نگارشی، نهادینه شدن مطالب درسی، ترویج فرهنگ تحقیق و پژوهش در میان طلاب و بسترسازی برای تحقیق و پژوهش در سطوح تحصیلی بالاتر مي‌باشد.
استاد جامعه علمیه امیرالمؤمنین(ع)، در تبيين برنامه هاي پژوهشي مرحله دوم كه براي طلاب پايه هاي دوم و سوم در نظر گرفته شده است اظهار داشت: در این مرحله هدف اولیه آشنا سازی طلاب عزیز با شیوه‌ی گردآوری اطلاعات از منابع معتبر و نحوه‌ی ارجاع دهی(پاورقی، کتابنامه، نقل قول مستقیم و ...) است که این هدف با جمع آوری مطالب متناسب از منابع مختلف پیرامون یک موضوع خاص از سوی طلبه، محقق گشته و به تدریج روحیه‌ی پژوهشگری در طلبه شکل می‌گیرد.
معاون پژوهش جامعه علمیه امیرالمؤمنین(ع) در توضیح مرحله سوم برنامه پژوهشی خود افزود: در این مرحله در نظر گرفته شده است که طلاب سطح یک و دو، علاوه بر یادگیریِ گردآوری صحیح اطلاعات بایستی با طراحی تحقیق و به طور کلی با ساختار مقالات علمی و پژوهشی آشنا گردند بطوری که بعد از فراگیری، طلاب گرامی قادر به نگارش مقالات علمی - پژوهشی باشند.
استاد جامعه علمیه امیرالمؤمنین(ع) با اشاره به حضور پر رنگ طلاب این مدرسه در جشنواره علامه حلی(ره) اظهار داشت: در سال تحصیلی جاری بحمدالله طلاب ما در جشنواره حضور بسیار فعالی داشتند که در مجموع، نزدیک به 170 اثر در جشنواره علامه حلی شرکت داده شد و به لحاظ کیفی نیز از مجموع 17 اثر ارسالی به قم 4 اثر از میان طلاب این مدرسه بوده است که نمایانگر فعال بودن طلاب در عرصه پژوهش و تحقیق است.
حجت الاسلام و المسلمین اخلاقی در پایان، ضمن مهم دانستن تحقیق و پژوهش در عصر حاضر بیان داشت: با توجه به گسترش علوم و تخصصی شدن آن، رسیدن به قله های علمی و تولید دانش دینی، بدون بهره گیری از توان پژوهشی طلاب حوزوی ممکن نیست. نگاه حاشیه‌ای به تحقیق و پژوهش در حوزه های علمیه، آسیب بسیار جدی و خطرناکی است که در صورت غفلت مسئولین، حتی ممکن است درخت پرثمر و تنومند حوزه های علمیه را از رشد انداخته و یا آن را بخشکاند. طلاب با خواندن دروس متداول حوزه بدون بالا بردن توانمندی های پژوهشی خویش، توان حضور در مجامع علمی دنیا را ندارند. طلبه ای مي‌تواند امروزه به دین خدمت کند و سخن اصلی دین را به گوش مخاطبانش برساند که ضمن فراگیری دروس عمیق حوزوی، در عرصه پژوهش نیز موفق بوده و توان انتقال معارف اصیل اسلامی را در قالب کتاب و مقاله های علمی - پژوهشی داشته باشد.