شرح مسئولیت و اهم وظایف:
1. اجرای آیین نامه های مصوب مرکز مدیریت حوزه های علمیه ؛
2. تهيه برنامه پژوهشى مدرسه و ارائه اهداف و تعيين اولويتهاى پژوهشى در قالب برنامههاى ميان مدت و بلندمدت براى طرح وتصويب در شوراى برنامه ريزي مدرسه.
3. فراهم سازي مقدمات آموزش پژوهش و تأمين نيروي انساني(اساتيد راهنما، مشاور و اساتيد مهارت‌هاي نويسندگي و...) ؛
4. نظارت مستمر بر تهیه و تنظیم مقالات طلاب؛
5. برگزاري دوره‌هاي کوتاه مدت و کاربردي آموزش مهارت‌هاي نويسندگي، کلاسهای روش تحقیق و کارگاه آموزش پژوهش؛
6. برگزاري نشست‌ها، مسابقات و اردوهاي علمي
7. تعامل و ارتباط اثر بخش با معاونت آموزش مدرسه در جهت ارتقاي کيفيت آموزش و تحقق آموزش پژوهش محور؛
8. نظارت بر چگونگي فعاليت‌هاي پژوهشي طلاب و اتخاذ تدابير اصلاحي در صورت لزوم؛
9. انتشار فصلنامه تخصصی در حوزه ی علوم اسلامي براي بالا بردن توان پژوهشي طلاب؛
10. تشويق و حمايت از فعاليت‌هاي پژوهشي طلاب در قالب پرداخت بن کتاب، حق التأليف و چاپ پژوهش‌هاي برتر؛
11. تجهيزکتاب‌خانه و تهيه کتاب‌هاي مورد نياز طلاب و نظارت بر فعاليت کتابخانه؛
12. تهيه و تجهيز نرم افزارهاي علوم اسلامي و بانک اطلاعات؛
13. تماس و ارتباط با موسسات پژوهشي حوزوي و دانشگاهي، به منظور همکاری در امور پژوهشی و مبادله خدمات علمی؛
مجموعه های ذیربط:
الف: واحد کتابخانه:
کتابخانه جامعه علمیه امیرالمؤمنین(ع) یکی از بخش هایی است که زیر نظر معاونت پژوهش مدرسه اداره می گردد و تلاش دارد زمینه ی تحقیق و پژوهش طلاب گرامی را فراهم آورد. این کتابخانه با ظرفيت 21000 جلد كتاب و سالن مطالعه با گنجايش 200 نفر، مجموعه‌اي غني و گسترده از منابع گوناگون در زمينه‌هاي مختلف علوم اسلامی، تفسیر، فقه، اصول، ادبیات عرب، کلام، فلسفه، علوم تربیتی، اقتصاد، حقوق، روان شناسی و.... را در برمي‌گيرد.
ساعت کار کتابخانه: همه روزه (به جز روزهای تعطیل) بعد از نماز صبح تا ساعت 23 شب می باشد.
ب: واحد رایانه:
واحد رایانه جامعه علمیه امیرالمؤمنین(ع) به منظور دسترسی آسان محققین وطلاب گرامی به منابع اطلاعاتی و سرعت جمع آوری آن، امکانات مناسب نرم افزاری و سخت افزاری را فراهم نموده است. تمامی سیستم های این واحد، مجهز به نرم افزارهای علوم اسلامی و متصل به خطوط پر سرعتADSL مي باشدکه همه روزه به جز روزهای تعطیل از ساعت 17 تا 22 آماده خدمت رساني به محققین گرامی است.
ج: کانون های علمی- پژوهشی:
یکی دیگر از فعالیت های علمی معاونت پژوهش، ایجاد کانون های علمی در مدرسه است، کانون ادبیات عرب یکی از کانون های علمی است که رسما کار خود را با دریافت مجوز رسمی از مرکز مدیریت حوزه های علمیه در خرداد ماه سال 1391آغاز نموده است. معاونت پژوهش بنا دارد در سال هاي تحصیلی آینده، کانون های فقه واصول، تفسیر و علوم قرآن، فلسفه و کلام، تاریخ و سیره را نیز در این مدرسه مبارکه فعال نماید.
د: شورای پژوهش :
این شورا با اعضایی متشکل از مسئول محترم و همچنین مدیریت مدرسه به همراه معاونین محترم آموزش و پژوهش و جمعی از اساتید محترم، مسئول سیاستگذاری های پژوهشی مدرسه مي باشد.
ه: هیئت تحریریه فصلنامه سخن جامعه:
هیئت تحریریه با عضویت جمعی از اساتید و طلاب سطح 1 و2 امر تدوین و ارزیابی مقالات فصلنامه مدرسه را پیگیری و ساماندهی می کند.